Varje cell i kroppen har samma DNA-sekvens i arvsmassan. Men olika celltyper anv盲nder olika grupper av gener. D盲rf枚r beh枚vs ytterligare signaler som talar om vilka gener som ska anv盲ndas i varje typ av cell. Signalerna best氓r av olika kemiska grupper som placeras p氓 DNA-sekvensen, liknande flaggor. Dessa kemiska modifieringar av DNA bildar en del av det som brukar kallas den 鈥檈pigenetiska koden鈥�. Epigenetiska skillnader mellan individer har betydelse vid kroppens normala utveckling, men det har 盲ven visat sig ha betydelse vid m氓nga sjukdomar, exempelvis cancer.
Den snabba tekniska utvecklingen inom omr氓det har gjort det m枚jligt f枚r forskare att p氓 allt kortare tid l盲sa av genetisk information och analysera allt st枚rre m盲ngder data, eller 鈥漛ig data鈥�. Genom att j盲mf枚ra den epigenetiska profilen hos tusentals individer samtidigt kan forskare hitta sm氓 skillnader som eventuellt samverkar vid olika sjukdomar.
I den aktuella studien har forskarna uppt盲ckt en brist i en av de vanligaste metoderna som anv盲nds inom epigenetisk forskning, DNA-immunoprecipitationssekvensering (DIP-seq). Metoden g氓r ut p氓 att plocka ut de delar av DNA som b盲r en specifik epigenetisk flagga. Till detta anv盲nder man olika antikroppar, som k盲nner igen och binder just den specifika kemiska strukturen. D盲refter sorteras antikropparna ut, och DNA-sekvenserna som de har bundit till l盲ses av, eller sekvenseras. LiU-forskarna uppt盲ckte att vissa epigenetiska mark枚rer alltid d枚k upp p氓 samma st盲lle, 盲ven p氓 DNA som inte borde ha de epigenetiska flaggorna.
鈥� V氓r uppt盲ckt belyser hur viktigt det 盲r att validera metoder i forskning d盲r teknik med h枚g kapacitet anv盲nds. Utan s氓dan noggrannhet i experimenten kan utbredda fel g枚mma sig i data, dolda p氓 grund av att de upprepas i m氓nga studier, s盲ger Colm Nestor, bitr盲dande lektor vid Institutionen f枚r klinisk och experimentell medicin, Link枚pings universitet.
Genom att analysera mer 盲n 125 befintliga dataset avsl枚jade Nestors forskargrupp att DIP-seq f氓ngade in DNA-sekvenser som inte hade n氓gra epigenetiska mark枚rer. Dessa falskt positiva signaler, som enligt studien utg枚r 50鈥�90 procent av de bundna DNA-regionerna, p氓verkade vissa dataset mer 盲n andra.
鈥� Nu n盲r vi k盲nner till att det h盲r felet uppst氓r, 盲r det v盲ldigt enkelt att 氓tg盲rda. Dessutom, genom att korrigera f枚r felet blir det m枚jligt att g枚ra nya uppt盲ckter fr氓n den stora m盲ngd epigenetiska data som redan finns tillg盲nglig, s盲ger Colm Nestor.
Den stora merparten av resultat fr氓n befintliga studier 盲r dock fortfarande korrekta, menar forskarna.
鈥� Vi ska forts盲tta att anv盲nda de h盲r metoderna, men korrigera f枚r felen genom att designa experimenten p氓 l盲mpligt s盲tt, s盲ger Colm Nestor.
Studien har gjorts i samarbete med forskare vid the MRC Human Genetics Unit vid Institute of Genetics and Molecular Medicine, University of Edinburgh, Storbritannien. Forskningen har finansierats med st枚d av Vetenskapsr氓det, Cancerfonden och the Medical Research Council i Storbritannien.
Artikel: 鈥溾��, Antonio Lentini, Cathrine Lagerwall, Svante Vikingsson, Heidi K. Mjoseng, Karolos Douvlataniotis, Hartmut Vogt, Henrik Green, Richard R. Meehan, Mikael Benson och Colm E. Nestor, Nature Methods, publicerad online 25 juni 2018, doi: 10.1038/s41592-018-0038-7
